ولد السير مجدي يعقوب في 16 نوفمبر 1935 في بلبيس بمصر. نشأ وترعرع في عدة بلدات أو قرى صغيرة مختلفة في مصر. وفي سن الخامسة عشرة التحق بكلية الطب بجامعة القاهرة بمنحة دراسية كاملة. وبعد فترة تدريب متناوبة في مستشفى جامعة القاهرة، أجرى عامين من الإقامة في الجراحة العامة في نفس المؤسسة ثم ذهب إلى لندن، حيث أجرى تدريبه في مجال جراحة القلب والصدر في مستشفى لندن للصدر، ومستشفى برومبتون، ومستشفيات القلب الوطنية.
بعد الانتهاء من تدريبه في يوليو 1968، أمضى عامًا في جامعة شيكاغو كأستاذ مساعد في قسم جراحة القلب والأوعية الدموية، وفي أغسطس 1969، عاد إلى لندن بصفته استشاري جراحة القلب والصدر في مستشفى هيرفيلد.
وبعد أربع سنوات، تم تعيين magdi yacoub أيضًا استشاريًا لجراحة القلب في مستشفى القلب الوطني في لندن، وفي عام 1986 أصبح أول أستاذ في مؤسسة القلب البريطانية لجراحة القلب والصدر في المعهد الوطني للقلب والرئة في كلية إمبريال كوليدج للطب. قام السير مجدي يعقوب بإجراء عمليات زراعة القلب والقلب والرئة أكثر من أي شخص آخر.
أدت مساهماته السريرية في جراحة الأمراض المكتسبة والخلقية والحالات التي تؤثر على الشريان الأورطي، ومساهماته العلمية الأساسية عبر مختبراته الواسعة، إلى نشر ما يقرب من 800 مقالة، ظهر معظمها في المجلات الطبية التي يراجعها النظراء. لعمله، حصل على العديد من الأوسمة.
وفي عام 1991، حصل على وسام فارس من ملكة إنجلترا لإسهاماته في جراحة القلب. وفي عام 1998، تم انتخابه زميلاً للجمعية الملكية في لندن، البروفيسور يعقوب عملاق بين جراحي القلب والأوعية الدموية. وهو أب لثلاثة أطفال.